L’edifici actual, va ser construït al llarg del segle XIX amb l’objectiu d’albergar les noves dependències de la Misericòrdia, una institució benèfica fundada pels jesuïtes l’any 1565. Anteriorment, havien ocupat una casa al costat de l’Hospital General, que amb el temps s’anà deteriorant. Va ser aquest el motiu que va empényer a l’arquitecte Pere Joan Bauçà a dissenyar un nou edifici. La construcció es va fer en dues fases diferenciades i sembla que el projecte iniciat per Bauçà, va ser continuat per Joan Sureda, a qui se li ha atribuït el disseny de la capella.

Més endavant, cap al 1870 es va contruir un segon bloc, que es va destinar als homes, mentre que la part anterior, quedà reservada a les dones. Finalment, la part més propera a Via Roma, va ser construïda a finals del segle XIX, sobre els terrenys que havia ocupat el cementiri del Camp Roig. En aquesta fase, hi intervingué l’arquitecte Miquel Rigo en un primer moment, però va ser acabat a mans de Joaquín Pavía.

Recentment i sota la direcció dels arquitectes del Consell de Mallorca; Pere Bonet, Catalina Riera, Maties Togores, Julio Trillo (enginyer), i Esteve Torres, s’ha finalitzat la segona de les quatre fases de la rehabilitació integral de La Misericòrdia, en la qual s’han restaurat quasi 4000 m2. En aquesta segona fase s’ha aconseguit fer visitable l’Aljub del Pati de les Dones, que va arribar a dotar d’aigua a una part de la barriada del que avui és Via Roma. A través d’un túnel excavat sota l’edifici, s’ha pogut obrir al públic l’aljub i les sales d’exposició contigües on antigament hi havia els rentadors de l’hospici, enfront de la terrassa triangular que s’emprava per estendre la roba.