L’actual Centre d’Història i Cultura Militar de Balears està situat un edifici del segle XIII, que va ser el Convent de Santa Margalida i, posteriorment, l’Hospital Militar de Palma.

El Convent de Santa Margalida fou un convent femení fundat a la ciutat de Palma el 1232 gràcies a la intervenció de personatges influents de l’època relacionats amb la Corona, que havien participat en la conquesta de Mallorca de 1229. La primera priora de la casa va ser Caterina de Torrella, neboda de Ramon de Torrella, primer bisbe de Mallorca. Al llarg dels segles XIV i XVI el monestir va sofrir diverses reformes. Primer es va reconstruir l’església, la sala capitular i el dormitori, i posteriorment es van edificar les tres galeries renaixentistes del claustre per completar l’espai monàstic, que ja disposava d’una primitiva galeria gòtica del segle XIII.

Finalment, el 1837, amb la desamortització de Menidzabal, les 18 monges que quedaven varen ser traslladades al Convent de la Concepció, i el Convent de Santa Margalida va quedar en mans públiques. L’edifici estigué uns anys abandonat fins que, el 1844, es va decidir transformar-lo en hospital militar.

Actualment, el Centre d’Història i Cultura Militar de Balears és l’òrgan responsable de la protecció, conservació, investigació i divulgació del patrimoni històric, cultural, moble, documental i bibliogràfic militar de l’Exèrcit de Terra. Dins el convent es conserva un refugi antiaeri construït als anys quaranta, que comptava amb una sala per ferits greus, una sala pels caps de l’hospital i ferits lleus, i un quiròfan.