Las primeras edificaciones conocidas en el espacio que hoy ocupa Can Balaguer, son de origen medieval. Este inmueble resultante fue comprado por la família Sanglada en el siglo XVII, quienes ordenaron una profunda rehabilitación y reestructuración. El resultado es la casa visible en la actualidad, de estética barroca. Siglos más tarde, a finales del siglo XIX, la família burguesa Blanes adquirió el edificio y en el año 1927 fue comprado por el músico y mecenas cultural Josep Balaguer. Balaguer fue el último propietario de la casa, ya que a su muerte, donó la casa al ayuntamiento de Palma, con la condición de que acogiera la sede del Círculo de Bellas Artes.

El año 2009, el Ayuntamiento llega a un acuerdo con el Círculo de Bellas Artes para que Can Balaguer y sus colecciones pasen a ser gestionadas por el la institución municipal , con el objetivo de rehabilitar este emblemático espacio para la ciudadanía. Este es el punto de partida de la reciente rehabilitación realizada a cargo de los arquitectos Francesc Pizá, M. José Duch, Ricardo Flores y Eva Prats, que finalizó en 2016. El resultado de la reforma, que ha sido fiel y respetuosa con el entorno y edificio original, ha dado lugar a la museización de distintas habitaciones y espacios de la casa y ha reconvertido el antiguo espacio privado y doméstico, en un espacio cultural público y abierto a la ciudadanía.