El actual Centro de Historia y Cultura Militar de Baleares se encuentra situado un edificio del siglo XIII, que fue el Convento de Santa Margalida y, posteriormente, el Hospital Militar de Palma.

El Convento de Santa Margalida fue un convento femenino fundado en la ciudad de Palma en 1232 gracias a la intervención de personajes influyentes de la época relacionados con la Corona, quiénes habían participado en la conquista de Mallorca de 1229. La primera priora de la casa fue Catalina de Torrella, sobrina de Ramon de Torrella, primer obispo de Mallorca. A lo largo de los siglos XIV y XVI el convento sufrió varias reformas. Primero se reconstruyó la iglesia, la sala capitular y el dormitorio, y posteriormente se edificaron las tres galerías renacentistas del claustro para completar el espacio monástico, que ya disponía de una primitiva galería gótica del siglo XIII.

Finalmente, en 1837, con la desamortización de Menidzabal, las 18 monjas que quedaban fueron trasladadas al Convento de la Concepción, y el Convento de Santa Margalida quedó en manos públicas. El edificio estuvo unos años abandonado hasta que, en 1844, se decidió transformarlo en hospital militar.

Actualmente, el Centro de Historia y Cultura Militar de Baleares es el órgano responsable de la protección, conservación, investigación y divulgación del patrimonio histórico, cultural, mueble, documental y bibliográfico militar del Ejército de Tierra. Dentro del convento se conserva un refugio antiaéreo construido en los años cuarenta, que contaba con una sala para heridos graves, una sala para los jefes del hospital y heridos leves, y un quirófano.