El edificio actual, fue construido a lo largo del siglo XIX con el objetivo de acoger las nuevas dependencias de la Misericordia, una institución benéfica fundada por los jesuitas en 1565. Anteriormente habían ocupado una casa al lado del Hospital General, que con el paso de los años se fue deteriorando. Este fue el motivo por el que el arquitecto Pere Joan Bauçà diseñó a principios de siglo XIX, un nuevo edificio.

La construcción se hizo en dos fases diferenciadas, y parece ser, que el proyecto iniciado por Bauçà, fue continuado por Joan Sureda, a quién se le ha atribuido el diseño de la capilla.

Más adelante, hacia 1870, se construyó un segundo bloque, que fue ocupado por hombres, mientras que el bloque ya existente, quedó reservado a las mujeres. Finalmente, la parte más cercana a Via Roma, fue construida a finales del siglo XIX, sobre los terrenos que había ocupado el cementerio del Camp Roig. En esta última fase, intervino inicialmente el arquitecto Miquel Rigo, pero finalmente fue sustituído por Joaquín Pavía.

Recientemente y bajo la dirección de los arquitectos del Consell de Mallorca; Pere Bonet, Catalina Riera, Maties Togores, Julio Trillo (ingeniero), y Esteve Torres, se ha finalizado la segunda de las cuatro fases de la rehabilitación integral de La Misericordia, en la que se han restaurado casi 4000 m2. En esta segunda fase se ha logrado hacer visitable el Aljibe del Patio de las Mujeres, que llegó a dotar de agua a una parte de la barriada de lo que hoy es Via Roma. A través de un túnel excavado bajo el edificio, se ha podido abrir al público el aljibe y las salas de exposición contiguas donde antiguamente se encontraban los lavaderos del hospicio, frente a la terraza triangular que se empleaba para tender la ropa.